CLINICAL EXOME SEQUENCING TO DETECT GENETICALLY DETERMINED DISEASES OF THE SKELETON

Abstract



Наследственные заболевания скелета представляют собой генетически гетерогенную группу, состоящую из более чем 450 состояний, ассоциированных с мутациями в более чем 300 генах. Их точная диагностика вызывала затруднения вследствие генетической гетерогенности, низких частот встречаемости и полиморфизма клинических проявлений. С целью определения эффективности секвенирова-ния нового поколения (NGS) в диагностике генетически обусловленной патологии скелета нами было проведено обследование 93 пациентов с клиническим диагнозом: Несовершенный остеогенез. Всем пациентам было проведено исследование кодирующих последовательностей и экзон-интронных соединений 4813 генов на секвенато-ре нового поколения Illumina NextSeq 500 с использованием набора TruSight One (Illumina). Обработка данных секвенирования проводилась с помощью автоматизированного алгоритма, а оценка клинической релевантности - с использованием баз данных. Решение о том, является ли обнаруженный вариант причиной заболевания, принималось на основании анализа медицинских документов и клинической картины, описанной у других пациентов с обнаруженным вариантом. По результатам исследования проводилась консультация врача-генетика. В результате исследования причина заболевания была обнаружена у 80 пациентов (86%), варианты, воз можно являющиеся причиной заболевания, были обнаружены у 5 пациентов (5%) и у 8 пациентов (9%) причина заболевания не была обнаружена. Высокая клиническая эффективность NGS в группе пациентов с направительным диагнозом «Несовершенный остеогенез» может быть объяснена особенностями клинических проявлений, что делает эти состояния легко распознаваемыми, и опытом направляющих врачей-генетиков, который позволяет избежать гипердиагностики. В результате работы был определен спектр генов, которые были включены в панель «Несовершенный остеогенез», что в перспективе позволит снизить стоимость обследования за счет сокращения числа анализируемых генов. Подобным образом могут быть созданы панели и для других наследственных заболеваний скелета.

I V Kanivets

F A Konovalov

S A Korostelev

N A Belova

F S Katasonov

D V Piankov

D N Khmelkova

  1. Jameson, J. Larry Endocrinology: Adult and Pediatric, Seventh Edition. Chapter 65, Р. 1173-1183, 2016.
  2. Superti-Furga A. et al. Molecular-Pathogenetic classification of Genetic Disorders of the Skeleton. Am J Med Genet (Semin. Med. Genet.) 106:282-293 (2001).
  3. Daniel L. Polla et al. Use of Targeted Exome Sequencing for Molecular Diagnosis of Skeletal Disorders. PLoS One, 2015; 10(9): e0138314.

Views

Abstract - 420

PDF (Russian) - 260

Cited-By


PlumX

Dimensions


Copyright (c) 2016 Kanivets I.V., Konovalov F.A., Korostelev S.A., Belova N.A., Katasonov F.S., Piankov D.V., Khmelkova D.N.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies